В начале ноября наступили холода. 5 ноября крестьянская армия переходит в Бердскую слободу. Повстанцы разместились в избах, вырытых во дворах землянках, в окрестностях слободы.
Бердская слобода становится центром восстания, главным штабом повстанческой армии.
Значение слободы, как центра восстания, прекрасно осознавалось участниками восстания. В своих письмах и официальных бумагах они называют ее «городом Берды». Современники рассказывают: «Бердскую слободу именуют они Москвой, Каргалу — Петербургом, а Чернореченскую крепость — провинцией».
Со всех сторон шли крестьяне в Бердскую слободу: одни — чтобы увидеть своего мужицкого царя, которого величали запросто «батюшкой», и получить указ о «вечной вольности», другие — чтобы поступить в ряды крестьянской армии. Чика-Зарубин, один из главных деятелей восстания, показывал впоследствии на допросе: «Редкий невольник был в его толпу взят, по большей части сами прихаживали всякий день толпами».
Так сформировалась многонациональная крестьянская армия.
Численность крестьянской армии в половине ноября 1773 года достигла 10 000 человек, из которых около половины составляли башкиры. Позднее, в феврале—марте 1774 года, численность крестьянской армии выросла до 20 000 человек.
Все войско было разделено на полки, частью по национальному, частью по территориальному и социальному признакам. Так, был полк яицких казаков, полк илецких казаков, полк оренбургских казаков, полк каргалинских татар, полк заводских крестьян и т. д.
Из казаков и башкир, имевших коней, были организованы кавалерийские полки, а заводские рабочие и крестьяне составили пехоту.
Каждый полк стоял в своих землянках и имел свое полковое знамя. Полки разделялись на роты, сотни и десятки. Командиры полков были выбраны на войсковом кругу или же назначены Пугачевым. Как правило, все командиры выбирались на кругу.
Руководящий состав армии Пугачева достигал двухсот человек, из них 52 были казаками, 38 — крепостными крестьянами, 35 — заводскими рабочими. Среди руководителей было 30 башкир и 20 татар.
Кроме пехоты и кавалерии, имелась артиллерия, насчитывавшая около 80 пушек, многие из которых были изготовлены на уральских заводах. Там же изготовлялись снаряды.
В областном краеведческом музее хранится пушка повстанцев, представляющая собой медный ствол, прикрепленный к окованному железом деревянному станку — лафету. Колеса лафета из цельных кусков дерева. На стволе пушки сохранилось изображение знамени и очертания буквы «П» — начальной буквы имени Петр. Пушка, вероятно, была отлита в честь вождя восстания на уральских заводах. В музей она прислана из Петербургского артиллерийского музея в 1899 году, а туда доставлена с Ижевского оружейного завода
Вооружение армии в целом было слабое. Лучше всего были вооружены яицкие и оренбургские казаки, имевшие свое собственное оружие, а также солдаты, перешедшие с оружием на сторону восставших. Остальные были вооружены «кто копьем, кто пистолетом, кто офицерской шпагой; ружей сравнительно было мало: башкиры были вооружены стрелами, а большая часть пехоты имела штыки, воткнутые на палки, часть была вооружена дубинами, а остальные не имели вовсе никакого оружия и ходили под Оренбург с одной плетью», — так сообщает один из историков восстания.
Войска несли сторожевую службу, высылались разъезды, дозоры. Один из таких дозоров стоял на горе Маяк, откуда хорошо был виден весь Оренбург.
Войска проходили боевую выучку. А. С. Пушкин пишет: «учения (особенно артиллерийские) происходили почти всякий день».
Для командования армией и управления занятой территорией Емельян Пугачев создал особый аппарат — Военную коллегию.
Членами Военной коллегии Пугачев назначил яицких казаков Андрея Витошнова, Максима Шигаева, Данила Скобочкина и илецкого казака Ивана Творогова. Секретарем коллегии был илецкий казак Максим Горшков, а думным дьяком (главным секретарем) — яицкий казак Иван Почиталин.
Военная коллегия занималась разнообразными вопросами военными, административными, хозяйственными, судебными. Она посылала наказы атаманам, давала указы от имени Петра III) заботилась о продовольствии, военных припасах, разбирала жалобы населения, вырабатывала планы военных операций и т. д
Вождь восстания Емельян Пугачев помещался в Бердской слободе в крестьянской избе, принадлежавшей бердинскому казаку Ситникову, которая еще в 20‑х годах XIX века была известна среди бердинских казаков под именем «золотой палаты». Видный участник восстания Тимофей Мясников рассказывал на допросе «Этот дом был из лучших и назывался дворцом государевым, у которого на крыльце всегда стоял непременный караул из лучших 25 яицких казаков, называемых гвардиею. Покой у него был обит вместо обоев шумихой», то есть золотистой бумагой Старожилы села Берды до сих пор помнят местоположение «золотой палаты».
Ближайшими соратниками Емельян Пугачева в первый период восстания были яицкие казаки Андрей Овчинников, Чика-Зарубин, Максим Шигаев, Перфильев, Давилин, сотник оренбургских казаков Тимофей Падуров, ссыльный Афанасий Соколов-Хлопуша, отставной солдат Белобородое, крепостной крестьянин Илья Арапов, солдат Жилкин, башкиры Салават Юлаев, Кинзя Арсланов, каргалинские татары Муса Алиев, Садык Сеитов и другие.
В начале ноября наступили холода. 5 ноября крестьянская армия переходит в Бердскую слободу. Повстанцы разместились в избах, вырытых во дворах землянках, в окрестностях слободы.
